Puerto Maldonado ist eine Stadt im südöstlichen Peru, Hauptstadt der Region Madre de Dios. Puerto Madonado liegt im Tropenwald des Amazonas-Tieflandes, 55 km westlich der Grenze zu Bolivien, am Zufluss des Tambopata in den Río Madre de Dios, einem Amazonas-Nebenfluss.

Bei Puerto Maldonado kreuzt eine Fähre den Fluss, welche die Hauptstrasse von Cuzco mit den peruanischen Städten San Lorenzo, Iberia and Iñapari verbindet. Das Klima ist warm und feucht über das ganze Jahr, die Regenzeit dauert von Oktober bis April und sorgt dafür, dass die Strassenverbindungen in dieser Zeit häufig im Schlamm versinken und eine Anbindung über die Strasse unmöglich wird. Die ursprüngliche Gründung der Siedlung geht auf die Gewinnung von Kautschuk zurück, aber die Zeit der Kautschukgewinnung ist lang vorüber. Heute lebt die Stadt in erster Linie vom Holzeinschlag, vom Goldwaschen, dem Sammeln von Paranüssen, dem Bootsbau und dem Ökotourismus, letzterer vor allem über den Flughafen "Padre Aldamiz".

Auch der Holzeinschlag ist inzwischen stark dezimiert, es gibt nur noch einen holzverarbeitenden Betrieb. Die örtliche Wirtschaft fusst heute also vor allem auf dem Ökotourismus und dem Bau von Booten, mit dem die Touristen transportiert werden.

Nahe der Stadt liegen der Manu-Nationalpark und der Tambopata-Candamo-Nationalpark, ausserdem das Bahuaja-Sonene-Nationalreservat. Diese Naturschutzgebiete gehören zu den wenigen noch unberührten Primärwäldern des Regenwaldgürtels dieser Erde. Die Naturschutzgebiete werden durch eine Reihe von Übernachtungsplätzen für Touristen erschlossen, die nur mit dem Boot zu erreichen sind.

Beim Fluss Heath gibt es verschiedene Dschungeltierarten und ein Lodge (hüttenähnliches Gasthaus) das 100%ig den Indios gehören.